มังคุดนั้นได้ชื่อว่าเป็น ราชินีของผลไม้ (Queen of Fruit) บางคนถึงกับเรียก Super Fruit ทีเดียว ประโยชน์ของมังคุดส่วนใหญ่อยู่ที่เปลือกมากกว่าเนื้อมังคุด โดยเปลือกมังคุดมีสารต้านอนุมูลอิสระกลุ่มแซนโทน ซึ่งพบว่ามีคุณสมบัติสามารถฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่เป็นสาเหตุของโรคท้องเสีย จึงมีสรรพคุณในการรักษาอาการท้องเสีย ลดการอักเสบ และบางการศึกษายังพบฤทธิ์ในการทำลายเซลล์มะเร็ง ซึ่งเรื่องนี้ก็ยังคงต้องมีการศึกษาวิจัยเพิ่มเติมเพื่อให้ได้ข้อมูลด้านวิทยาศาสตร์รองรับอย่างเพียงพอ
ดังนั้นการจะกินมังคุดให้ได้สารต้านอนุมูลอิสระด้วยก็ต้องกินเปลือกหรือสารที่สกัดจากเปลือกมังคุดด้วย แต่ในความเป็นจริงแล้ว การกินเปลือกมังคุดสดๆ เป็นเรื่องที่เป็นไปได้ยาก ปัจจุบันจึงมีผู้ผลิตอาหารสำเร็จรูปผลิตน้ำมังคุดออกมาจำหน่าย ดังนั้น การซื้อน้ำมังคุดมาบริโภคก็ต้องดูว่า
ผลิตภัณฑ์นั้นมีส่วนผสมของเปลือกมังคุดด้วยหรือไม่
โดยต้องเลือกซื้อน้ำมังคุดที่มีส่วนผสมของเปลือกมังคุดด้วยจึงจะได้ประโยชน์
มังคุดมีประโยชน์เชิงสุขภาพ สามารถปรับระดับภูมิคุ้มกันให้สมดุลทำให้ลดอาการที่เกี่ยวข้องกับการแพ้ภูมิตัวเองและการอักเสบ เช่น ตับเสื่อม ไตวาย เบาหวาน ข้อเข่าอักเสบ ความดันโลหิต โรคพาร์กินสัน ไทรอยด์เป็นพิษ และความผิดปกติของสมองอันเกิดจากการอักเสบ เป็นต้น" นอกจากนี้ มังคุดยังมีสารที่มีประสิทธิภาพและปลอดภัยสูง คือ สาร จีเอ็ม-1 นำมาเป็นส่วนประกอบของเครื่องสำอาง สำหรับผู้มีปัญหาสภาพผิวเรื้อรังจากสิวและอาการแพ้
แม้มังคุดจะมีประโยชน์สารพัด แต่ก็มีโทษ โดยเฉพาะสาร "แทนนิน" ที่อยู่ในเปลือกมังคุด (รวมถึงสารเคมีจากยาฆ่าแมลงด้วย) หากบริโภคสารแทนนินอย่างต่อเนื่อง อาจจะทำให้เกิดเป็นพิษต่อตับ ไต และถ้าบริโภคในปริมาณมากอย่างต่อเนื่อง จะนำไปสู่การเกิดมะเร็งในร่องแก้ม ในทางเดินอาหารส่วนบน และลดจำนวนของเม็ดเลือดขาวจนทำให้ภูมิคุ้มกันของร่างกายลดต่ำลงกว่าปกติได้
ปัจจุบันมีผู้นำส่วนต่าง ๆ ของมังคุดไปแปรรูปเป็นผลิตภัณฑ์ต่าง ๆ มากมาย
โดยไม่คำนึงถึงความปลอดภัยและการบริโภคที่เหมาะสม
ซึ่งจะมีโทษต่อผู้บริโภคโดยเฉพาะผู้ที่ขาดความรู้ ความเข้าใจที่ถูกต้อง